محمدجواد باهنر در ۱۳ شهریور ۱۳۱۲ در خانوادهای فقیر در شهر کرمان به دنیا آمد. او دومین فرزند از ده فرزند خانواده بود. پدرش مغازهای کوچک داشت و پیشهوری ساده بود. محمدجواد باهنر از پنج سالگی به مکتبخانه رفت و نزد معلم مکتبخانه، قرآن آموخت. در ۱۱ سالگی، به مدرسه معصومیه کرمان رفت و دروس حوزوی را آغاز کرد.
محمدجواد باهنر در ۱۳ شهریور ۱۳۱۲ در خانوادهای فقیر در شهر کرمان به دنیا آمد. او دومین فرزند از ده فرزند خانواده بود. پدرش مغازهای کوچک داشت و پیشهوری ساده بود. محمدجواد باهنر از پنج سالگی به مکتبخانه رفت و نزد معلم مکتبخانه، قرآن آموخت. در ۱۱ سالگی، به مدرسه معصومیه کرمان رفت و دروس حوزوی را آغاز کرد.
باهنر مدارک فوق لیسانس علوم تربیتی و دکترای الهیات را از دانشگاه تهران کسب کرد. او پیش از انقلاب به عنوان معلم فعالیت میکرد و در تدوین کتب درسی دینی و قرآن نقش داشت. او حدود سی کتاب و جزوه در زمینه تعلیمات دینی تألیف کرد که از دوره ابتدایی تا دانشگاه مورد استفاده قرار گرفتند. باهنر از افراد مؤثر در تأسیس دفتر نشر فرهنگ اسلامی، کانون توحید و مدرسه رفاه بود.
اولین برخورد شهید باهنر با رژیم شاهنشاهی زمانی رخ داد که برای تبلیغ به آبادان رفت و به دلیل اعتراض به رسمیت شناختن دولت اسرائیل توسط ایران، دستگیر شد. در سال ۱۳۴۲ نیز به دلیل سخنرانی در سالگرد شهدای حادثه مدرسه فیضیه دستگیر شد. او در مجموع شش بار به زندانهای کوتاهمدت محکوم شد و از سال ۱۳۵۰ اجازه سخنرانی نداشت.
در سال ۱۳۵۹، شهید باهنر به حکم امام خمینی (س) عضو ستاد انقلاب فرهنگی شد و سپس در کابینه شهید رجایی به عنوان وزیر آموزش و پرورش منصوب شد. پس از برکناری ابوالحسن بنیصدر و انتخاب شهید رجایی به عنوان رئیسجمهور، شهید باهنر به پیشنهاد رجایی به عنوان نخستوزیر انتخاب شد. پس از شهادت شهید بهشتی در بمبگذاری دفتر حزب جمهوری اسلامی، او دبیرکل حزب شد.
در هشتم شهریور ۱۳۶۰، محمدجواد باهنر به همراه شهید رجایی در بمبگذاری دفتر نخستوزیری به شهادت رسید. این رویداد نقطه عطفی در تاریخ جمهوری اسلامی ایران بود.